2007年1月，由武書連領銜的《中國大學評價》課題組在《科學學與科學技術管理》雜誌發表了2007年度中國一流大學名單及入選標準。
《中國大學評價》課題組提出的2007中國一流大學的標準是：“在中國大學評價中，獲得工學前6名、理學、醫學、管理學、文學前3名、農學、經 濟學、法學前2名、歷史學、教育學、哲學第1名的研究型大學；或者是研究1型大學” 。此標準與上一年度相比，增加了研究1型大學為中國一流大學。
按照以上標準，2007年中國有16所大學入選中國一流大學，其中中山大學、南開大學以研究1型首次進入中國一流大學。各學科門類的變化是：復旦大學的醫學從第三名上升到第二名，上海交通大學的醫學從第四名上升到第三名。
在11個學科門類中，北京大學獲得理學、醫學、文學、法學、哲學五個第一名。北京大學的經濟學、歷史學也具備獲得第一名的師資力量。
| 排名 | 大學名稱 | 升降 | 綜合得分 | 聲譽得分 | 學術資源得分 | 學術成果得分 | 學生情況得分 | 教師資源得分 | 物資資源得分 |
| 1 | ↔ | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | |
| 2 | ↔ | 94.0 | 100.0 | 95.2 | 90.0 | 89.3 | 97.6 | 87.7 | |
| 3 | ↑ 2 | 79.0 | 91.7 | 83.6 | 67.8 | 84.8 | 74.5 | 79.1 | |
| ↔ | 79.0 | 89.9 | 78.6 | 70.2 | 89.3 | 80.8 | 66.5 | ||
| 5 | ↑ 1 | 78.0 | 91.5 | 61.9 | 90.0 | 74.7 | 65.0 | 90.0 | |
| 6 | ↓ 2 | 77.0 | 89.6 | 83.8 | 78.0 | 96.2 | 61.3 | 51.3 | |
| 7 | ↔ | 76.0 | 89.0 | 63.8 | 85.4 | 80.6 | 67.8 | 72.8 | |
| 8 | ↑ 1 | 66.0 | 81.8 | 63.3 | 60.4 | 82.7 | 60.6 | 51.9 | |
| 9 | ↑ 1 | 65.0 | 82.2 | 71.1 | 41.5 | 85.8 | 49.6 | 80.8 | |
| 10 | ↓ 2 | 63.0 | 84.4 | 56.7 | 48.8 | 85.4 | 58.0 | 62.0 | |
| ↑ 1 | 63.0 | 81.2 | 58.0 | 49.0 | 78.8 | 51.9 | 79.6 | ||
| 12 | ↔ | 62.0 | 82.0 | 51.5 | 53.4 | 85.5 | 54.1 | 62.6 | |
| ↑ 6 | 62.0 | 81.9 | 38.1 | 63.9 | 80.1 | 58.4 | 63.7 | ||
| 14 | ↔ | 61.0 | 78.9 | 53.6 | 56.0 | 79.5 | 57.0 | 51.0 | |
| ↓ 2 | 61.0 | 82.5 | 55.1 | 40.1 | 84.1 | 56.1 | 67.8 | ||
| 16 | ↓ 2 | 60.0 | 78.5 | 59.7 | 43.3 | 82.6 | 48.7 | 67.3 | |
| 17 | ↓ 1 | 59.0 | 77.6 | |
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